Sanhá là một bệnh nhân tiểu đường. Vào đầu tháng 12 năm 2009, anh đến thăm Bồ Đào Nha, nhưng anh đã trì hoãn chuyến thăm do các vấn đề về sức khỏe. Sau khi ngất xỉu, ông được đưa đến Dakar, Senegal và sau đó là Paris, Pháp để điều trị y tế, nơi ông nói rằng ông là một bệnh nhân tiểu đường và ông đã bị giảm hemoglobin; mặc dù ông nhấn mạnh rằng bệnh tiểu đường của ông là "không nghiêm trọng như mọi người muốn làm ra;" ông nói thêm rằng ông dự định sẽ chú ý hơn về sức khỏe của mình. Sanhá đã dành mười ngày ở Paris và sau đó ở lại quần đảo Canary một thời gian trước khi trở về Bissau vào ngày 30 tháng 12 năm 2009. Trưởng giao thức của ông nói rằng ông đã hồi phục và đang trong tình trạng tốt. Kể từ đó, ông đã dành khoảng thời gian thường xuyên trong các bệnh viện ở Dakar và Paris. Trong thời gian lưu trú tại Paris, một cuộc đảo chính do hậu quả của các cuộc tấn công trong lực lượng vũ trang đã được đưa xuống dưới hai tuần trước khi ông qua đời.

Sanhá qua đời vào sáng ngày 9 tháng 1 năm 2012 tại Paris. Văn phòng của ông đã ban hành một tuyên bố đọc:

Tổng thống thông báo cho Guinea-Bissau và cộng đồng quốc tế, với nỗi đau và mất tinh thần, về cái chết của ông Malam Bacai Sanhá sáng nay tại Val de Grace ở Paris, nơi ông đang điều trị.

Chính phủ đã ban hành một nghị định rằng nó sẽ quan sát bảy ngày quốc tang trong đó lá cờ sẽ được bay ở nửa cột buồm và tất cả các buổi hòa nhạc và lễ hội sẽ không xảy ra. Nó cũng tìm cách hồi hương cơ thể của Sanhá để chôn cất.

Theo hiến pháp, một cuộc bầu cử dự kiến ​​sẽ được tổ chức trong vòng 90 ngày. Trong thời gian đó, Chủ tịch Quốc hội Raimundo Pereira, từ cùng một bên, đã tuyên thệ nhậm chức tổng thống.